O PPGO-UFRJ dispõe de dois anfiteatros da Faculdade de Odontologia da UFRJ (FO-UFRJ) com 50 lugares cada, bem como três salas de aulas para receber grupos de alunos menores, nas dependências internas de espaço referentes às áreas de concentração.

Nas dependências de todas as Áreas de Concentração do PPGO-UFRJ, são disponibilizadas salas de apoio aos discentes das áreas, que contam com mesas de trabalho, armários individuais com tranca, acesso à rede de internet institucional dos respectivos setores e impressoras para que possam desempenhar suas atividades de estudo, pesquisa e elaboração de dissertações e teses. Além disso, todas as salas de seminários/aulas nas áreas dispõem de equipamento multimídia estacionário. Todos os docentes possuem equipamento de informática próprio e conectado à internet em suas salas de trabalho, adequadas às atividades desempenhadas durante a orientação e o desenvolvimento dos projetos de pesquisa em andamento.